七月一日，张勋拥废帝溥仪在京复辟。黎总统避入日本使馆，电请冯副总统代行职务。以段祺瑞为国务总理。四日，冯、段通电出师讨贼，段祺瑞在马厂誓师。以段芝贵、曹锟为司令，分东西两路进讨。十二日，我师复京城。[2]
京师既复，黎总统通电辞职。冯代总统于八月一日入京。十四日，布告对德宣战。
当国会解散后，广东、广西，即宣告军民政务，暂行自主。重大政务，径行秉承元首，不受非法内阁干涉。复辟之后，定后，有人主张：“民国业经中断，可仿初建时之例，召集临时参议院。”于是海军第一舰队，开赴广东。云南亦宣言拥护约法。八月二十五日，国会开非常会议于广州。议决《军政府组织大纲》：在临时约法未恢复以前，以大元帅任行政权，对外代表中华民国。选举孙中山为元帅。[3]
此时两广、云、贵，完全为护法省份。四川、福建、湖南、湖北、陕西，也有一部分独立的。南北相持于湖南。六年十一月，南军攻入长沙、岳州。七年三月，复为北军所取。南方由两院联合会，修改《军政府组织大纲》：“以政务总裁，组织政务会议，各部长都称政务员，由政务员组织政务院；以政务院赞襄总裁会议，行使军政府的行政权。”[4]旋选出孙中山等七人为总裁。[5]于六月初五日，宣告成立。推岑春煊为主席。国会于十二日在广州开正式会，并续开宪法会议。北方则召集参议院，修改《国会组织法》和《两院议员选举法》，据以选举、召集。八月十二日，选举徐世昌为大总统。于十月十日就职。南方不承认。由两院联合会委托军政府，代行国务院职权，以摄行大总统职务。